موزه سنت ایرنه Hagia Irene واقع در حیاط بیرونی کاخ توپکاپی قدیمی ترین کلیسای امپراتوری روم شرقی (بیزانس) است. همچنین این کلیسا بعد از ایاصوفیه دومین کلیسای بزرگ استانبول بود. Hagia Irene، در اصل به معنای صلح مقدس (Hagia Eirene) است، به عنوان اولین مکانی که موزه شناسی ترکیه در آن متولد شد، معنای خاصی دارد.
ایا ایرنه (سنت ایرنه)، یک سازه معمولی بیزانسی با مصالح و معماری خود، در محل یک معبد قدیمی در سال 330 ساخته شد. در زمان امپراتور ژوستینیانوس، شورش نیکا در سال 532 منجر به ویران شدن ایاصوفیه و ایا ایرنه شد. ولی مجددا هر دو بنا با هم بازسازی شدند.
پس از سقوط قسطنطنیه از آنجایی که کلیسا به مسجد تبدیل نشد، برای مدت طولانی به عنوان محل انبار وسایل غارت شده و انبار اسلحه مورد استفاده قرار گرفت. در سال 1846، اولین مجموعه از آثار موزه شناسی ترکیه به نمایش گذاشته شد و در سال 1869 به اولین موزه رسمی کشور با نام Müze-i Hümayun (موزه امپراتوری) تبدیل شد. مجموعه تسلیحات دوباره سازماندهی شد و به عنوان اولین موزه نظامی بین سال های 1908 و 1930 در نظر گرفته شد.
ایا ایرنه، به عنوان تنها کلیسایی که دهلیز آن هنوز دست نخورده باقی مانده است، متشکل از دهلیز، نارتکس(پیشترها در کلیساهای مسیحی یک ایوان سمت چپ کلیسا وجود داشت کخ ویژه ی نادم ها و سایر کسانی که حق نیایش با دیگران را نداشتند)، نائوس سه شبستانی(معبد باستانی، ضریح) و آبسیسا است. Hagia Irene که به عنوان کلیسای سه شبستانی در زمان سلطنت کنستانتین کبیر (306-337) ساخته شده بود، توسط لئو سوم (717-741) و پسرش کنستانتین کوپرونیموس (741-775) پس از آسیب های فراوانی که به وسیله زمین لرزه در سال 740 به آن وارد شد، بازسازی شد. بنای فوقانی آن با اندک تغییراتی به طور کامل مورد بازسازی و مرمت قرار گرفت و نقشه و نمای کلیسایی گنبدی امروزی داشت. تزئینات ساختمانی که تصور می شد در زمان سلطنت ژوستینیانوس (527-565) دارای تزئینات تصویری غنی بوده است در زمان سلطنت لئو سوم و کنستانتین کوپرونیموس کاملاً تغییر کرد. موزاییک صلیبی نیم گنبد آپسید نیز از این دوره است.